Η κατάλληλη φαρμακευτική αγωγή αποτελεί ένα από τα πιο βασικά στάδια επιτυχίας της εξωσωματικής γονιμοποίησης. Τα τελευταία χρόνια, σημαντικό μέρος της έρευνας για την αναπαραγωγή είναι επικεντρωμένο στη δημιουργία νέων φαρμακευτικών ουσιών με στόχο τη βελτίωση της θεραπείας στις γυναίκες. Τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται αυξάνουν τα ποσοστά επιτυχίας της εγκυμοσύνης και κρίνονται ακίνδυνα. Χορηγούνται λόγω του ότι στην εξωσωματική γονιμοποίηση γίνεται προσπάθεια να υποχρεωθεί η ωοθήκη να παράγει περισσότερα από ένα ωοθυλάκια, ώστε να παραχθούν αρκετά ωάρια τα οποία θα γονιμοποιηθούν για να δημιουργήσουν έμβρυα καλής ποιότητας που θα μεταφερθούν στη μήτρα.
Τα θεραπευτικά πρωτόκολλα που χρησιμοποιούνται στην εξωσωματική γονιμοποίηση εφαρμόζονται ανάλογα με τις ιδιαιτερότητες του κύκλου κάθε γυναίκας, την ηλικία, την ανταπόκριση των ωοθηκών σε προηγούμενες προσπάθειες κ.λπ.
